《第二军医大学学报》（月刊）创刊于1980年，为全国性医药卫生类综合性学术期刊，中国科技论文统计源期刊和自然科学核心期刊。月刊，国内外公开发行。

《第二军医大学学报》著名肝胆外科专家、国家最高科技奖获得者吴孟超教授任主编。面向全国和海外作者征稿，主要报道基础、临床、预防、军事医学、药学和中国医学等领域的最新科研成果。读者对象主要为从事医药卫生工作的中高级科研、医疗、教学、预防机构人员和高等医药学院校的师生。

《第二军医大学学报》2008年获第二届中国高校精品科技期刊奖2006年获首届中国高校精品科技期刊奖2004年获全国高校优秀科技期刊评比一等奖；2004年获第四届全军医学期刊质量评比优秀奖；2000年获首届《CAJ-CD规范》执行评优活动执行优秀奖；1999年获上海高校优秀自然科学学报评比一等奖；1999年获全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊评比二等奖；1997年获上海科技期刊评比二等奖